Desde la SGCP, se coordina y apoya, en el ámbito de sus competencias, a las Direcciones Provinciales de Educación de las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla. Estas Direcciones Provinciales son servicios periféricos del Ministerio, que ejercen las funciones de programación y gestión de la enseñanza no universitaria y desarrollan y coordinan las actuaciones en los siguientes ámbitos:
En total se coordinan dos Direcciones Provinciales, Ceuta y Melilla; cincuenta y cuatro Centros Públicos, veintinueve en Ceuta y veinticinco en Melilla y nueve Centros Concertados, seis en Ceuta y tres en Melilla.